สถานพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชนจังหวัดสมุทรสงคราม จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติศาลเยาวชนและครอบครัวและวิธีพิจารณาคดีเยาวชนและครอบครัว พ.ศ.๒๕๓๔ เป็นหน่วยงาน สังกัดกรมพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชน กระทรวงยุติธรรม ภายใต้การกำกับดูแลของผู้อำนวยการศูนย์ฝึกและอบรมเด็กและเยาวชนจังหวัดราชบุรี เปิดทำการวันที่ ๙ มกราคม ๒๕๔๙    

สถานที่ทำการเดิม เป็นอาคารเช่าตั้งอยู่ที่อาคารพาณิชย์ ๓ ชั้นครึ่ง จำนวน ๒ คูหา เลขที่ ๑๐/๑๐๖-๑๐๗ ถนนเอกชัยตำบลแม่กลอง อำเภอเมือง จังหวัดสมุทรสงคราม ๗๕๐๐๐ โทรศัพท์ (๐๓๔) ๗๑๖๑๒๔ โทรสาร (๐๓๔) ๗๑๖๑๒๕ มีเขตอำนาจรับผิดชอบพื้นที่ในจังหวัดสมุทรสงคราม มีทั้งหมด ๓ อำเภอ ได้แก่  อำเภอเมืองสมุทรสงคราม,อำเภอบางคนทีและอำเภออัมพวา

สถานพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชนจังหวัดสมุทรสงคราม  ยังไม่มีสถานที่ควบคุมเด็กและเยาวชนไว้ระหว่างการสอบสวนและการพิจารณาของศาล  ต้องนำเด็กและเยาวชนไปฝากควบคุมที่สถานแรกรับเด็กและเยาวชนสถานพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชนจังหวัดราชบุรี ได้มีการยกเลิกพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลเยาวชนและครอบครัวและวิธีพิจารณาคดีเยาวชนและครอบครัว พ.ศ.๒๕๓๔ โดยใช้พระราชบัญญัติศาลเยาวชนและครอบครัวและวิธีพิจารณาคดีเยาวชนและครอบครัว พ.ศ.๒๕๕๓  แทนตั้งแต่วันที่ ๒๑ พฤษภาคม ๒๕๕๔ จนถึงปัจจุบัน

ต่อมาเมื่อวันที่  ๑  พฤศจิกายน  ๒๕๕๕  สถานพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชนจังหวัดสมุทรสงคราม ได้ย้ายที่ทำการมาที่อาคารบูรณาการกระทรวงยุติธรรม เลขที่ ๒๑๒ หมู่ ๓  ชั้น ๒ ตำบลลาดใหญ่  อำเภอเมือง  จังหวัดสมุทรสงคราม  ๗๕๐๐๐ โทรศัพท์ (๐๓๔) ๗๑๖๑๒๔ โทรสาร (๐๓๔) ๗๑๖๑๒๕ จนถึงปัจจุบัน เนื่องจากกระทรวงยุติธรรมได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารบูรณาการกระทรวงยุติธรรมจังหวัดสมุทรสงครามขึ้น โดยมีหน่วยงานในสังกัดกระทรวงยุติธรรม จำนวน ๓ หน่วยงาน ที่ทำการในอาคารบูรณาการ
กระทรวงยุติธรรม ได้แก่  สำนักงานบังคับคดีจังหวัดสมุทรสงคราม สำนักงานยุติธรรมจังหวัดสมุทรสงคราม  สถานพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชนจังหวัดสมุทรสงคราม